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Haruka Nanase, un passionné de natation, intègre le club de natation durant ses années de primaire où il fait la rencontre de Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki et Rin Matsuoka. Ensemble, ils décident de participer à un tournoi de natation et ils le remportent. Mais, à la fin de l'année, chacun suit une voie différente et se séparent. Quelques années plus tard, Haruka, Nagisa et Makoto se retrouvent au lycée Iwatobi. Haruka mène une vie tout à fait banale jusqu'au jour où Rin partit en Australie pour perfectionner ses techniques de nage, revient au Japon et le défie dans un match de natation. Rin sort gagnant de ce duel mais il en reste insatisfait. Par la suite, il intègre l'école de natation Samezuka. De leur côté, Haruka, Nagisa et Makoto fondent leur propre club de natation afin de se mesurer à leur ancien camarade aidé d'un quatrième membre Rei Ryugazaki qui leur réservera bien des surprises.