Ce manga parle de la relation de trois couples en particulier. Ces trois histoires sont plus ou moins liées, certains personnages se connaissant : Usagi-san est l'ami d'enfance d'Hiro-san qui est l'assistant de Miyagi et ils travaillent tous les deux à l'université où étudie Misaki, et où Shinobu apparaît de temps à autre. De plus, dans l'animé, souvent de petites apparitions de l'un ou l'autre des personnages se fait sans forcément qu'on le remarque. Les trois couples sont classés ainsi en trois histoires différentes: Junjo Romantica, Junjo Egoïst et Junjo Terrorist. Il s'agit d'un manga rempli d'humour et de remises en questions des personnages.

Junjo Romantica
L'histoire commence avec les résultats scolaires du jeune Misaki Takahashi qui sont assez médiocres. Ce dernier rêve d'entrer dans Mitsuhashi, une grande université renommée. C'est pourquoi son grand frère, Takahiro, l'envoie chez son ami, le célèbre écrivain Akihiko　Usami afin qu'il lui serve de tuteur. Misaki découvre alors qu'Akihiko aime secrètement son frère depuis des années et écrit, en plus de ses best-sellers primés, des romans Boy's Love sulfureux dont les personnages principaux ne sont autres qu'Usami lui-même et le frère de Misaki. D'abord scandalisé et en colère, Misaki va petit à petit apprendre à mieux connaître son tuteur… C'est alors, que le jour de l'anniversaire de Takahiro, ce dernier annonce son mariage avec Manami Kajiwara, sa fiancée. Misaki entre alors dans une profonde colère envers son frère, se sentant mal pour Usami qui a le cœur brisé. Misaki pleure alors pour Akihiko en voyant juste dans son cœur. Usami, touché par la sensibilité de Misaki, voit son amour changer de tournure…

Junjo Egoïst
Six ans avant que ne commence l'histoire de Romantica, débute celle de Hiroki Kamijou, un jeune homme rêvant de devenir professeur de littérature. Il vit plutôt mal ces derniers temps ; il vient de subir un échec d'amour. En effet, Hiroki est amoureux de son ami d'enfance, Akihiko Usami. L'homme qu'il aime ne partage pas les mêmes sentiments que lui. De plus, Hiroki ne lui a jamais avoué. Il fait preuve de naïveté et croit pouvoir changer les sentiments d'Usami. Hélas, le cœur brisé, c'est dans un parc publique qu'il rumine avec nostalgie ses journées passés avec lui. Mais son instant de solitude est troublé par l'arrivée imminente de Nowaki Kusama. Ce dernier sera assez secoué par leur bref croisement de regard. Le jeune homme harcèlera Hiroki pour qu'il devienne son tuteur et l'aide dans ses études. Hiroki refuse mais Nowaki fait preuve d'insistance et Kamijou n'a pas d'autre choix que d'accepter. Les choses se passèrent plutôt bien, lorsqu'un jour, Nowaki déboule sans retenu qu'il aime Hiroki depuis le tout premier jour… C'est alors que commence une longue, longue histoire d'amour qui va être mise à l'épreuve par toutes sortes d'obstacles.

Junjo Terrorist
Au même instant que les deux histoires précédentes, le professeur You Miyagi, divorce de sa femme, Risako Takatsuki. Pas spécialement marqué par la rupture - c'était un mariage arrangé - tout va bien pour le professeur de littérature. Jusqu'au jour, où son ex-beau frère décide de revenir d'Australie ainsi que de s'insinuer dans sa vie. Shinobu Takatsuki, lui dévoile, alors, ses sentiments, affirmant qu'il est fou amoureux de lui. Que c'est le destin qui les a réunis. Ne buvant pas une seule de ses paroles, Miyagi continue de vivre pleinement sa vie de professeur. Mais, le doyen de l'université - qui se trouve être le père de Shinobu - forcera un peu plus le destin en implorant You de prendre Shinobu sous son toit, provisoirement, jusqu'à son retour. Le jeune homme profite de cette cohabitation, pour harceler encore plus l'ainé. Agacé par cette impression de déjà-vu, Miyagi entreprend de causer une belle frayeur au jeune Takatsuki. Le prenant de vitesse en l'embrassant avec violence, Miyagi s'est persuadé que Shinobu renoncera, s'il le brusque un peu. Ce dernier, assez traumatisé, continue pourtant de clamer son amour pour lui. Miyagi finit par se rendre compte, assez tardivement, de son erreur. Car à ce moment-là, il n'arrive plus à se sortir de la tête le petit Shinobu…
(Source Wikipedia)